健保會於9月23日歷經11小時的協商，在醫界和付費者雙方均釋出最大誠意下，醫院、西醫基層、牙醫門診、中醫門診等四部門的健保總額及其他預算均圓滿達成共識，且各部門總額都達到行政院核定成長率上限5.5%，健保總額首度正式突破1兆元，達到10,434.47億元。
根據116年度健保總額成長率範圍計算，反映人口老化及成本變動等不需經協商的自然成長預算，增加259.86億元，其餘可供協商空間為284.11億元。
此次協商結果，醫院總額達7,235.29億元、西醫基層總額1,965.82億元、牙醫門診總額616.28億元、中醫門診總額384.64億元，四部門健保總額的成長率均達核定上限5.5%（行政院核定之116年度健保總額成長率範圍為2.619%至5.5%），其他預算也有232.44億元，較115年度增加12.12億元，整體合計10,434.47億元、成長率5.5%。
依據健保署最新財務試算結果，116年度以總額成長率5.5%及維持現行費率5.17%推估下，年底安全準備累計餘額為819億元，約當1.01個月保險給付支出，符合法定1~3個月原則。
116年健保總額協商中，付費者及醫界代表對於資源配置，主要呼應衛福部年度四大政策目標：
一、留人留才支持醫療韌性：
為改善人力流失問題，確保醫療體系永續發展，於醫院、西醫基層總額均再新增提升護理人員待遇合計達57.963億元，回應賴清德總統留人留才的政策目標，以提升醫療量能與價值。
二、強化全人照護與慢性病管理：
呼應健康台灣888目標，強化全人照護與慢性疾病管理，新增「強化糖心腎症候群（CKM）全人整合照護計畫」16.695億元，及擴大推動家醫計畫、在宅急症照護、復健病房及偏鄉地區全人整合照護計畫等，編列86.235億元，高風險疾病口腔照護計畫編列50.919億元。
三、不同工不同酬保障急重症量能：
因應醫療體系的挑戰，為了落實賴清德總統推動「不同工、不同酬」的目標，調高健保給付困難、複雜的醫療服務，在醫院、西醫基層總額與其他預算中，編列「促進醫療服務診療項目付衡平」項目，合計達76.917億元，用以通盤檢討支付標準，並著重保障兒童、急重難罕病人照護及住院服務量能。
同時為持續引進新醫療科技、藥品及特材給付規定改變、暫時性支付等項目，也增編103.44億元；並持續編列罕病、血友病藥費234.833億元，以照護弱勢。
四、提升資源可近性達醫療平權：
為強化醫療資源不足地區醫療服務，提升醫療可近性，持續編列醫療資源不足地區改善方案11.847億元、醫療資源不足地區醫療服務提升計畫22億元、山地離島地區醫療給付提升計畫20.953億元，合計54.8億元，以加強偏鄉及山地離島地區、弱勢族群醫療照護及偏遠地區燈塔型醫院等項目，確保當地民眾就醫權益。
116年度總額協商，在雙方平和及理性協商氛圍下，總額成長率達行政院核定上限值5.5%，也是繼114、115年度後，連續第3年以核定成長率上限編列預算，顯見付費者委員與醫界代表對於政府推動「健康台灣」的支持。健保會初步協商結果，預計於10月份委員會議確認後，依法報請衛福部核（決）定。
